В запущенных случаях острый апикальный периодонтит может развиться в очень серьёзное и даже опасное для жизни состояние. Опасно распространение флегмоны (гнойного воспаления) в соединительную ткань верхних дыхательных путей, области глазницы, шеи, а также в головной мозг. Свободные инфицированные элементы могут попасть в кровоток и стать причиной поражения сердечного клапана и инфекционного миокардита.